全基因组选择育种的主要步骤,全基因组选择育种能更精确地评估和选留
作者:《农财宝典》新牧网记者 刘鑫
猪业振兴,良种先行。全基因组技术的兴起对种猪业未来的发展有举足轻重的影响。8月19日,由南方农村报社主办、《农财宝典》新牧网承办的2022华南养猪大会暨华南禽业大会在广西南宁举办。会上,来自广西桂垦牧业有限公司的司景磊博士向大家介绍了广西桂垦种猪全基因组选择技术的研究与应用。
广西桂垦牧业有限公司司景磊博士
育种旨在选育并提高种猪的重要经济性状
“种猪育种的实质是选种,测定是基础,首先得有精准的表型测定,而后是基于育种值进行评估和选留。”司景磊认为,选种的目标有两个,一是要准确选择重要的经济性状,二是重要的经济性状能够有所提高。
他介绍道,全世界近现代种猪育种的发展变化可以分为四个阶段:第一阶段是上世纪50年代开始,主要是依据表型进行选留;第二阶段是上世纪50-80年代,主要利用BLUP方法育种;第三阶段是上世纪90年代后,采用分子辅助标记辅助选择 BLUP的方式;第四阶段是2010年开始兴起的全基因组选择(Genome Selection, GS)应用。
司景磊表示,所谓全基因组选择育种,是在建立参考群到候选群体的过程中,基于准确的表型数据、SNP分型数据和遗传评估模型,计算个体基因组育种值(GEBV),依据GEBV选留个体。
会议现场
全基因组选择育种能更精确地评估和选留
司景磊介绍,桂垦根据个体亲缘关系及信息最大化原则筛选组织样品,在2018-2022年分6批次获得5527个个体的SNP芯片数据。“通过对芯片数据的处理及分析,评估发现大白猪初配日龄属于中高等遗传力性状,总产仔数、产活仔数、产健仔数、初生窝重、校正21日龄窝重等性状遗传力较低;杜洛克猪的三个性状——达100kg日龄、达100kg背膘厚、达100kg眼肌面积均属于中高遗传力性状。饲料效率及采食行为等各性状属于中高等遗传力性状。”
“基因组选择育种技术的应用,具备四大优势。”司景磊分析道,首先,该技术可以实现早期留种,缩短世代的间隔;其次,通过基因组可以提高育种值估计的准确性,特别是对低遗传力性状;再者,可以减少性能测定的数量,从而降低企业的生产成本;同时,对测定成本高或活体难以测量的性状具有无可比拟的优势,如饲料利用效率、肉质性状、抗病性等。
基因组选择育种技术方兴未艾。司景磊认为,企业做好基因组选择育种可以从六个方面着手:其一,建立基因组芯片分型平台(质控、填充);其二,建立表型数据、基因组数据分析标准化流程;其三,建立不同品种、不同品系基因组参考群体;其四,建立基因组遗传评估模型(不同品种、不同品系);其五,开发种猪基因组育种软件(简便、快捷、高效);最后,持续利用基因组信息进行种猪的选种、选配,加快种猪遗传进展。
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